Studi mengenai kompleksitas struktur makromolekul tidak terlepas
dari peran program pemodelan dan visualisasi. Proses visualisasi
merupakan salah satu cara untuk memahami lebih mendalam tentang dunia
biologi molekular. Saat ini telah banyak perangkat lunak yang
dikembangkan untuk keperluan visualisasi struktur ataupun untuk
menganalisis hasil simulasi MD mulai dari program yang berbayar sampai
program yang bersifat open source atau gratis. Program visualisasi yang
saat ini banyak digunakan diantaranya PyMOL (DeLano WL 2002), VMD (Virtual Molecular Dynamics), Rasmol, Jmol, OpenMol, dan Deepviewer.
Kebutuhan program visualisasi bagi studi biologi molekular ataupun
MD dapat dilihat dari berbagai aspek. Perangkat lunak visualisasi
dibutuhkan untuk beberapa hal diantarnya untuk memvisual
PyMOL sebagai program visualisasi grafis molekuler dapat digunakan
untuk beberapa hal antara lain untuk membaca basis data protein PDB
(Protein Data Bank), menampilkan struktur 3D makromolekul dengan
berbagai representasi bentuk (Gambar 1), visualisasi hasil
kristalografi, menseleksi dan mengedit bagian tertentu pada molekul,
menampilkan proses trajektori hasil simulasi MD, membuat file animasi,
dan analisis molekular lainnya seperti visualisasi warna b-factor,
pensejajaran makromolekul, menghitung jumlah ikatan hidrogen,
menampilkan sekuens protein dan kalkulasi struktur sekunder (DeLano WL
2002).
Tidak ada komentar:
Posting Komentar